Resumen Ejecutivo[1]
El presente documento analiza de manera sistemática la evolución reciente de la jurisprudencia de la Segunda Sala de la Corte Suprema en materia de prescripción de la acción penal aplicable a los simples delitos, con especial énfasis en el periodo 2024–2025, etapa en la que se ha consolidado una doctrina clara, reiterada y de profundo impacto práctico en el sistema penal chileno.
La cuestión jurídica central abordada consiste en determinar qué actuaciones procesales tienen la aptitud legal para suspender el curso de la prescripción de la acción penal, conforme al artículo 96 del Código Penal, en armonía con el artículo 233 del Código Procesal Penal. En particular, se examina si actos distintos a la formalización de la investigación —como la denuncia, la querella criminal o la sola solicitud de audiencia— pueden ser considerados como hitos suspensivos del plazo de prescripción en el sistema acusatorio vigente.
Del análisis normativo y jurisprudencial efectuado se desprende que la Corte Suprema ha adoptado una interpretación restrictiva, garantista y coherente con el principio de legalidad, estableciendo que la formalización de la investigación constituye el único acto procesal con capacidad para suspender la prescripción de la acción penal en los simples delitos. Esta conclusión se funda en la literalidad del artículo 233 del Código Procesal Penal, en la prohibición de la analogía in malam partem consagrada en el artículo 5 del mismo cuerpo legal y en la función garantista que cumple la formalización como primer acto de judicialización efectiva de la persecución penal.
En esta línea, el máximo tribunal ha descartado de forma expresa que la querella criminal, aun cuando identifique al imputado, describa los hechos y sea admitida a tramitación por un tribunal, tenga efectos suspensivos sobre la prescripción. La Corte razona que tales actuaciones no equivalen a “dirigir el procedimiento contra el imputado” en los términos del artículo 96 del Código Penal, toda vez que no generan una imputación judicial formal ni habilitan el ejercicio pleno del derecho a defensa.
Esta doctrina ha sido aplicada de manera consistente en fallos destacados como en Rol 60.878-2024, 61.563-2024y 9171-2025, en los cuales la Corte Suprema declaró extinguida la acción penal por el solo transcurso del plazo legal de cinco años, propio de los simples delitos, pese a la existencia de denuncias, querellas o diligencias investigativas previas. En dichos pronunciamientos, la Sala Penal enfatiza que permitir la suspensión de la prescripción mediante actos no previstos expresamente por la ley implicaría una extensión indebida del ius puniendi estatal, incompatible con la seguridad jurídica y el debido proceso.
Asimismo, el informe destaca la consolidación del recurso de amparo como vía constitucional idónea para controlar formalizaciones tardías, cuando estas se realizan respecto de hechos cuya acción penal ya se encuentra prescrita. La Corte ha entendido que someter a una persona a un proceso penal en tales condiciones constituye una amenaza o privación ilegal de la libertad personal, habilitando la intervención correctiva inmediata del tribunal constitucionalmente llamado a tutelar dicha garantía.
En términos prácticos, esta línea jurisprudencial impone un estándar reforzado de diligencia al Ministerio Público, que debe formalizar oportunamente la investigación si pretende suspender el curso de la prescripción, y entrega a la defensa una herramienta eficaz para solicitar el sobreseimiento definitivo incluso en etapas tempranas del procedimiento. La prescripción deja así de ser una cuestión meramente incidental para erigirse como un límite sustantivo y temporal infranqueableal ejercicio de la acción penal pública.
En síntesis, la doctrina consolidada por la Segunda Sala de la Corte Suprema reafirma que, en materia de simples delitos, el tiempo constituye un factor esencial de justicia, y que su transcurso, cuando no ha sido válidamente interrumpido o suspendido por la formalización de la investigación, extingue la potestad punitiva del Estado por el solo ministerio de la ley.
Palabras clave
Prescripción penal; acción penal; simples delitos; formalización de la investigación; Corte Suprema de Chile; principio de legalidad; recurso de amparo.
Fundamentos dogmáticos y sustantivos de la prescripción penal
La prescripción de la acción penal se fundamenta en la idea de que el transcurso del tiempo debilita la necesidad social de la pena, dificulta la obtención de pruebas fidedignas y genera en el imputado el derecho a no permanecer indefinidamente sujeto a una investigación. En el ordenamiento jurídico chileno, esta figura se encuentra regulada principalmente en los artículos 93 a 105 del Código Penal, dentro del título dedicado a la extinción de la responsabilidad penal.
Clasificación y plazos de la prescripción de la acción
El artículo 94 del Código Penal establece los plazos de prescripción atendiendo a la gravedad del ilícito, medida por la pena que la ley le asigna en abstracto. Para los simples delitos, el plazo general de prescripción es de cinco años. Esta categorización es esencial, pues define el «reloj» de la pretensión punitiva del Estado desde el momento mismo de la consumación del hecho.
La determinación de este plazo es de orden público y debe ser declarada de oficio por el tribunal si concurren los requisitos legales, lo que subraya su carácter de garantía fundamental más que de mera defensa procesal. La jurisprudencia reciente de la Corte Suprema, analizada en fallos como el Rol 60.878-2024, ha ratificado que este plazo de cinco años es el estándar para delitos como el abuso sexual de mayor de 14 años, previsto en el artículo 366 del Código Penal, situándolo inequívocamente en la categoría de simple delito para efectos del cómputo extintivo.
El inicio del cómputo y la naturaleza del hecho
El artículo 95 del Código Penal dispone que el término de la prescripción comienza a correr desde el día en que se hubiere cometido el delito. Esta regla, aparentemente sencilla, exige una precisión dogmática sobre el momento de la consumación. En los delitos instantáneos, no hay mayor dificultad; sin embargo, en los delitos permanentes o de tracto sucesivo, la doctrina y la jurisprudencia han debido precisar que el cómputo solo se inicia una vez que ha cesado el estado delictivo. En las causas analizadas por la Segunda Sala en 2024 y 2025, los hechos imputados suelen ser de ocurrencia única, lo que permite fijar con claridad el dies a quo del plazo de cinco años.
El conflicto normativo entre el Código Penal y el Código Procesal Penal
El núcleo del debate jurisprudencial moderno se sitúa en la interpretación del artículo 96 del Código Penal. Dicho precepto establece que la prescripción se suspende «desde que el procedimiento se dirige contra el delincuente». En el sistema procesal antiguo, esta expresión se asociaba a actuaciones como el auto de procesamiento. No obstante, con la entrada en vigencia del Código Procesal Penal, surgió la interrogante sobre qué actuación específica del nuevo sistema equivale a «dirigir el procedimiento».
El efecto de la formalización según el artículo 233 del Código Procesal Penal
El legislador del año 2000 buscó otorgar certeza a esta materia mediante el artículo 233, letra a), del Código Procesal Penal. Esta norma señala de manera explícita que la formalización de la investigación tendrá por efecto suspender el curso de la prescripción de la acción penal.1 La formalización es definida como la comunicación que el fiscal efectúa al imputado, en presencia del juez de garantía, de que desarrolla actualmente una investigación en su contra respecto de uno o más delitos determinados.
La jurisprudencia actual de la Corte Suprema ha elevado la formalización a la categoría de hito exclusivo de suspensión en el sistema acusatorio. Esta interpretación se sustenta en que la formalización es la primera actuación judicial que permite al imputado ejercer plenamente su derecho a defensa ante un cargo específico, judicializando así la persecución penal que hasta ese momento era meramente administrativa y desformalizada.
La prohibición de la analogía in malam partem
Un pilar fundamental de los fallos Rol 60.878-2024, 61.563-2024 y 9171-2025 es el recurso al artículo 5 del Código Procesal Penal. Dicha norma establece que las disposiciones de este Código que restringen la libertad del imputado o limitan sus derechos deben interpretarse de manera restrictiva, prohibiéndose la analogía.
El máximo tribunal argumenta que si el legislador mencionó específicamente la formalización en el artículo 233, no es lícito al intérprete judicial extender ese efecto suspensivo a otras actuaciones como la querella o la solicitud de audiencia. Realizar tal homologación implicaría aplicar una analogía que perjudica al imputado (in malam partem), al extender artificialmente el plazo que el Estado tiene para perseguir el delito, lo cual vulnera el principio de legalidad procesal y sustantiva.
Análisis exhaustivo de la jurisprudencia reciente (2024-2025)
Los tres fallos fundantes de esta doctrina demuestran una aplicación rigurosa de los plazos de prescripción en diversas áreas de la criminalidad, desde delitos sexuales hasta negligencias médicas y delitos de tránsito.
Rol 60.878-2024: Abuso sexual y la ineficacia de las actuaciones administrativas
En este caso, se imputaba al amparado un delito de abuso sexual de mayor de 14 años ocurrido el 30 de mayo de 2017.1La formalización de la investigación solo se materializó el 19 de agosto de 2024, es decir, más de siete años después de los hechos.
La Corte Suprema, al revocar la sentencia de la Corte de Apelaciones de Valdivia, sostuvo que al tratarse de un simple delito sujeto a una prescripción de cinco años, la acción penal ya se encontraba extinguida al momento de la formalización. La relevancia de este fallo radica en su pronunciamiento sobre las actuaciones intermedias: la Corte enfatizó que «ni la sola presentación de la petición de formalización ni la denuncia tienen la virtud de suspender el plazo de prescripción». El argumento es que dichas actuaciones no están contempladas de forma expresa por el legislador como medios de suspensión, y el silencio de la ley no puede ser suplido por el arbitrio judicial en perjuicio del encausado.
Rol 61.563-2024: Delitos de la Ley de Tránsito y demora en la persecución
El fallo Rol 61.563-2024 abordó un caso de manejo en estado de ebriedad causando lesiones y conducción sin licencia, hechos ocurridos el 8 de diciembre de 2018. La formalización ocurrió el 25 de abril de 2024.
Al igual que en el caso anterior, la Corte determinó que el transcurso de más de cinco años entre el ilícito y la comunicación judicial de cargos operó como causal de extinción de la responsabilidad penal. La Segunda Sala reiteró que la actuación impugnada constituía una afectación al derecho constitucional a la libertad personal, toda vez que exponía al recurrente a una sanción encontrándose su responsabilidad ya extinta. Este fallo es particularmente interesante porque involucra delitos que a menudo tienen un componente de prueba técnica (alcoholemia) que no justifica la dilación de la formalización más allá del plazo legal de cinco años.
Rol 9171-2025: Cuasidelitos y el debate sobre el efecto de la querella
La sentencia Rol 9171-2025 es, quizás, la más compleja y discutida del periodo. Los hechos, calificados como cuasidelito de homicidio por funcionarios de la salud, ocurrieron el 29 de julio de 2021, misma fecha en que se interpuso una querella criminal. La formalización se efectuó el 11 de octubre de 2024.
En este fallo, la Corte Suprema debió enfrentar directamente el argumento de si la querella criminal, por ser una forma de inicio del procedimiento que identifica al imputado y describe los hechos, cumple con el estándar de «dirigir el procedimiento» del artículo 96 del Código Penal. La mayoría de la Sala concluyó que no. Sostuvieron que «la sola presentación de la querella criminal no tiene la virtud de suspender el plazo de prescripción de la acción penal, ello por no ser considerado por el legislador como un medio expreso para dichos fines».
| Caso (Rol) | Delito | Fecha de Hechos | Fecha de Formalización | ¿Hubo Querella Previa? | Resultado |
| 60.878-2024 | Abuso Sexual (Art. 366 CP) | 30/05/2017 | 19/08/2024 | Sí | Prescrita |
| 61.563-2024 | Manejo en ebriedad con lesiones | 08/12/2018 | 25/04/2024 | No consta | Prescrita |
| 9171-2025 | Cuasidelito de Homicidio | 29/07/2021 | 11/10/2024 | Sí (2021) | Prescrita* |
*Nota: En el Rol 9171-2025 existe una disconformidad aritmética en el texto del fallo que menciona el cumplimiento de 5 años cuando solo han pasado 3, pero la ratio decidendi se mantiene firme sobre la querella.
La querella criminal y su incapacidad suspensiva
La exclusión de la querella como hito de suspensión representa una decisión de política criminal de gran calado. Históricamente, parte de la doctrina sostenía que la querella era el acto máximo de «dirección» del procedimiento, especialmente cuando era acogida a tramitación por un tribunal.3 No obstante, la Corte Suprema ha priorizado la estructura del Código Procesal Penal.
Argumentos a favor de la ineficacia de la querella
El razonamiento judicial se asienta en que la formalización es un acto exclusivo del Ministerio Público, quien detenta el monopolio de la acción penal pública. Si se permitiera que la querella de un particular suspenda la prescripción, se estaría permitiendo que un tercero ajeno al órgano persecutor estatal manejara los plazos de extinción de la responsabilidad penal, lo que podría derivar en abusos o en la perpetuación de investigaciones sin control judicial efectivo.
Además, la formalización conlleva efectos procesales que la querella no posee, como la fijación de un plazo judicial para el cierre de la investigación y la posibilidad de solicitar medidas cautelares personales de mayor intensidad.5 Al no existir esta simetría de efectos, la Corte considera que no se pueden equiparar ambas instituciones para fines tan graves como la suspensión de la prescripción.
La interpretación de la querella como «inicio de investigación» y no «dirección de procedimiento»
La doctrina reciente distingue entre el acto de «iniciar» una investigación y el de «dirigir» el procedimiento contra alguien. La querella, al igual que la denuncia, pone en conocimiento del Estado un hecho punible. Sin embargo, el procedimiento solo se «dirige» contra el imputado cuando este es formalmente vinculado al proceso mediante la audiencia prevista en el artículo 229 del Código Procesal Penal. Hasta ese momento, el imputado puede incluso ignorar que es objeto de una pesquisa, por lo que no puede sostenerse que el «brazo de la justicia» ya se ha posado sobre él de manera que justifique suspender el plazo de gracia que es la prescripción.
El recurso de amparo como herramienta de control de la prescripción
Una de las innovaciones procesales más notorias en la jurisprudencia de 2024 y 2025 es la consolidación del recurso de amparo (habeas corpus) como la vía idónea para declarar la prescripción de la acción penal.1
El amparo correctivo y preventivo
La Corte Suprema ha interpretado que someter a una persona a los rigores de un proceso penal (formalización, arraigo, obligación de comparecer) cuando la acción ya está prescrita constituye una privación o amenaza ilegal a la libertad personal. En los fallos Roles 60.878-2024 y 61.563-2024, la Sala Penal acogió el amparo constitucional para ordenar al Juzgado de Garantía que fije una audiencia inmediata para debatir la prescripción y dictar el sobreseimiento definitivo.
Esta postura representa un cambio sustancial respecto a la doctrina que dictaba que la prescripción era una cuestión de «mera legalidad» que debía discutirse por las vías ordinarias (apelación de sobreseimiento). Ahora, el máximo tribunal entiende que si la responsabilidad está extinta por el solo ministerio de la ley, cualquier acto procesal posterior es per seatentatorio contra la seguridad individual.
El debate en los votos disidentes
No existe unanimidad total en esta materia. Los ministros María Cristina Gajardo y María Teresa Letelier, junto con el abogado integrante Juan Carlos Ferrada, han manifestado consistentemente votos en contra de esta vía. Sus argumentos suelen centrarse en dos puntos:
- Falta de idoneidad del amparo: Sostienen que el recurso de amparo no puede erigirse en una instancia de revisión de las decisiones de fondo de los tribunales de garantía, especialmente cuando existen recursos ordinarios previstos por la ley.
- Necesidad de debate en la instancia: Argumentan que la prescripción requiere un análisis de antecedentes que a menudo excede la naturaleza sumarísima del amparo, debiendo ser el Juez de Garantía, en audiencia de sobreseimiento, quien verifique la concurrencia de todos los requisitos legales.
A pesar de estas disidencias, la mayoría de la Sala Penal ha mantenido la tesis de que la afectación a la libertad es real y actual, justificando la intervención constitucional directa.
La suspensión de la prescripción y la paralización del procedimiento
Un aspecto doctrinal de suma importancia que complementa la interpretación de los simples delitos es la regla de la paralización prevista en la parte final del artículo 96 del Código Penal. Esta norma señala que si el procedimiento se paraliza por tres años, o termina sin condenar al imputado, «continúa la prescripción como si no se hubiere interrumpido» (entendiéndose «suspendido»).
La distinción entre interrupción y suspensión en el artículo 96
La doctrina ha criticado históricamente la redacción del artículo 96 CP, que utiliza erróneamente el término «interrumpido» en su inciso final cuando en realidad se refiere a la suspensión.2 La interrupción solo ocurre por la comisión de un nuevo crimen o simple delito, perdiéndose todo el tiempo anterior. La suspensión, en cambio, detiene el reloj mientras dura el impedimento legal o el procedimiento judicial.
La Corte Suprema ha integrado esta regla para evitar que la formalización se convierta en una «patente de corso» para el Ministerio Público. Si tras la formalización la causa queda inactiva por tres años por causas no imputables al procesado, el tiempo de suspensión se «evapora» y se suma al tiempo transcurrido antes de la formalización para verificar si se ha cumplido el plazo de prescripción de cinco años.
El cómputo en casos de ausencia del territorio nacional
Otro factor que la jurisprudencia considera es el artículo 100 del Código Penal, que dispone que el tiempo de la prescripción se cuenta por doble si el delincuente se ausenta del territorio nacional. En fallos como el Rol 40.390-2025, la Corte Suprema ha ordenado repetir audiencias de prescripción cuando no ha quedado debidamente acreditado el tiempo que el imputado estuvo fuera del país, demostrando que el rigor en favor del imputado tiene como límite la veracidad de los presupuestos fácticos del cómputo.
Implicancias de la doctrina sobre simples delitos en la práctica forense
La consolidación de esta jurisprudencia obliga a un cambio de paradigma para los actores del sistema penal. El Ministerio Público ya no puede confiar en que la presentación de una querella o la solicitud de audiencia «salvarán» una causa que está próxima a cumplir el plazo de cinco años de prescripción.
El deber de diligencia del Ministerio Público
La formalización debe ser una prioridad estratégica para el fiscal. La demora injustificada en judicializar un caso, incluso aquellos con investigaciones complejas como los cuasidelitos médicos (Rol 9171-2025), puede llevar a la impunidad por el solo transcurso del tiempo. La Corte Suprema ha enviado un mensaje claro: el «procedimiento dirigido» del siglo XIX es la «formalización» del siglo XXI, y cualquier interpretación más laxa vulnera el debido proceso y la seguridad jurídica.
Estrategia de la defensa y el uso del Amparo
Para los defensores, esta doctrina abre una vía expedita para solicitar el sobreseimiento definitivo. El uso del recurso de amparo ante formalizaciones tardías se ha vuelto una herramienta estándar, permitiendo saltar las demoras de las audiencias de instancia cuando el cálculo aritmético de los cinco años es evidente. La defensa ya no necesita esperar al cierre de la investigación para alegar la extinción de la acción; puede hacerlo en el momento mismo en que el fiscal intenta formalizar cargos por hechos prescritos.
Perspectiva histórica y comparada de la dirección del procedimiento
Para comprender la rigurosidad de la Corte Suprema, es útil observar cómo ha mutado el concepto de «procedimiento dirigido contra el delincuente». Bajo el Código de Procedimiento Penal de 1906, cualquier resolución judicial que implicara una sospecha fundada contra el reo podía suspender la prescripción. La doctrina clásica aceptaba incluso el decreto que ordenaba citar a declarar en calidad de inculpado.
Del sistema inquisitivo al acusatorio
La transición al sistema acusatorio trajo consigo una mayor exigencia de garantías. La formalización no es solo un acto de dirección, sino un acto de información y protección. Al separar las funciones de investigar y juzgar, el sistema requiere que la suspensión de la prescripción esté ligada a un acto que ocurra ante un juez imparcial. Permitir que la querella —un acto de parte— o la denuncia —un acto informativo— suspendan la prescripción, sería un retroceso hacia la vaguedad del sistema inquisitivo donde la sola sospecha administrativa paralizaba los derechos del imputado por tiempo indefinido.
El rol de la víctima y el forzamiento de la acusación
A pesar de que la víctima tiene derechos garantizados constitucionalmente (Art. 19 N°3), la Corte ha sido enfática en que estos derechos no incluyen la facultad de alterar los plazos de prescripción mediante la querella. La víctima puede intervenir en el proceso, aportar pruebas e incluso forzar la acusación tras el cierre de la investigación, pero siempre dentro de los marcos temporales establecidos para la acción penal pública. La prescripción opera como un límite tanto para el Estado como para el querellante, en favor de la paz social y la certeza jurídica.
Conclusiones de la doctrina de la Sala Penal sobre simples delitos
Tras el análisis de la normativa y la jurisprudencia de los años 2024 y 2025, se pueden establecer los siguientes principios rectores:
- Hito único de suspensión: En el marco del Código Procesal Penal, el único acto con capacidad para suspender la prescripción de la acción penal es la formalización de la investigación criminal, de acuerdo al artículo 233 del citado cuerpo legal.
- Ineficacia de la querella: La interposición de una querella criminal, aun cuando sea admitida a tramitación por el tribunal, carece de efectos suspensivos sobre la prescripción, al no estar contemplada expresamente por la ley para tal fin.
- Prohibición estricta de la analogía: Los tribunales no pueden homologar actuaciones como la denuncia, la petición de formalización o la querella al acto de formalización, pues ello constituiría una aplicación analógica in malam partem prohibida por el artículo 5 del Código Procesal Penal.
- Idoneidad del Amparo: El recurso de amparo es la vía constitucional preferente para corregir formalizaciones tardías, protegiendo al ciudadano de investigaciones por acciones ya extinguidas por el paso de los cinco años previstos para simples delitos.
- Cómputo ininterrumpido: Para los simples delitos, el plazo de cinco años corre de manera continua desde la comisión del hecho, y solo puede ser interrumpido por un nuevo delito o suspendido por la formalización, siempre que el proceso no se paralice posteriormente por tres años.
Esta síntesis jurisprudencial refleja una Corte Suprema comprometida con la legalidad estricta y el respeto a los plazos procesales, recordando a los órganos de persecución que el tiempo es un factor sustantivo de justicia que no puede ser ignorado ni manipulado mediante interpretaciones extensivas de la ley penal.
Casos Relevantes Analizados:
Un mayor detalle puede ser cotejado en los siguientes análisis y comentarios.
- Prescripción en abuso sexual: análisis del fallo Corte Suprema Rol 60.878-2024
- Prescripción en delitos de tránsito: fallo Corte Suprema Rol 61.563-2024
- Querella y prescripción penal: análisis del fallo Corte Suprema Rol 9171-2025
Estudio Jurídico Barrientos & Suazo Ltda.
[1] NOTA: El presente documento tiene un fin informativo, y debe ser entendido como un comentario de lo acá expuesto. Su lectura y análisis, supone un conocimiento previo de la materia. Asimismo, este documento no pretende, ni se enmarca en fines académicos. Por ello se ha omitido citas y referencias, procurando concentrarse en explicar criterios jurisprudenciales, los que, si han sido expresamente aludidos, citados, y fundamentados. www.ejuridicobs.cl
